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贝博ballbe官网核心技术——新生抗原预测

新生抗原(Neoantigen)是连接贝博手机登陆网页基因组和T细胞免疫反应的桥梁,是实现贝博手机登陆网页精准免疫“诊”“疗”产品转化的关键。


高质量新生抗原预测算法——TruNeo™
TruNeo™涉及的分析内容

整合多种方法进行结果的交叉验证是贝博ballbe官网特有的

检测missense抗原肽
外显子检测
MHCII亲和性检测
检测splicing抗原肽
clonal预测
肽段同源性预测
检测Frameshift/Non-frame shift lnDels抗原肽
计算表达丰度
neoantigen数据库
检测Fusion Gene抗原肽
MHCI亲和性预测
抗原打分排序算法
加入TESLA共建neoantigen算法国际标准

新生抗原检测算法TruNeo™为国内唯一经TESLA验证

TruNeo™=生物学推演+机器学习+实验验证

常见新生抗原算法在每个分析阶段确定的基因组变异经过筛选后,最后验证为免疫原性的肽段数量不到10%,贝博ballbe官网生物自主开发的TruNeo™智能机器学习算法,纳入新生抗原传递与识别的生物途径多因素,使新生抗原检测的准确性更高;加入神经网络深度学习算法优化,经过TESLA 和天梯计划研究院多年积累,拥有经过实验验证的新生抗原阴阳性数据库、共有新生抗原数据库,能够提高预测的肽段数量。

高通量免疫原性双重验证平台
EliSpot 体外验证

采集外周血验证PBMC中是否存在新生抗原特异性T细胞。


NESt 体外验证

高通量体外验证:验证新生抗原免疫原性,并获得有亲和力的 TCR 的 CDR3 区的序列

PDTX 人源化小鼠体内验证

用于临床前研究评估贝博手机登陆网页新生抗原个性化免疫疗法的疗效


专于个性化免疫疗法的新生抗原数据库
数据库积累
2016年

贝博手机登陆网页细胞系表达数据库:CCLE 1,000+

中国人群HLA数据库:20,000+

贝博手机登陆网页患者数据库:ICGC 100,000+/中国人群1,000+


2017年

贝博手机登陆网页高频新生抗原库

结肠癌的蛋白质谱数据

2018年

锚定残基数据库

MHC识别/TAP转运/蛋白酶裂解数据库

2019年

血液贝博手机登陆网页融合基因来源的新生抗原库

TESLA及自有验证数据

HPV病毒新生抗原库

2020年

AI质谱验证数据

天梯计划数据库及其他自有数据库

算法的升级

依托庞大的数据库,深厚的生物信息技术和计算资源平台,建立国内首个针对新生抗原全类型(I型、II型MHC递呈,插入缺失、融合来源的新生抗原)的预测平台

基于TESLA验证数据优化算法,算法准确性达到全球领先水平



功能模块不断优化。建立国内唯一覆盖贝博手机登陆网页新生抗原产生过程全部生物学环节的系统算法模型



建立国内首个基于深度学习的新生抗原算法模型




贝博ballbe官网生物多维贝博手机登陆网页免疫检测平台
基因测序平台
华大智造DNBSEQ-T7
华大智造MGISEQ-2000
表达分析平台
NanoString nCounter® FLEX
空间表达分析平台
NanoString GeoMx® Digital Spatial Profiler
流式细胞分析平台
安捷伦 NovoCyte® Flow Cytometer
病理分析平台
Leica Bond-RX 全自动染片机
Akoya Vectra Polaris™ 全自动定量病理成像系统
Dako 全自动免疫组化染色系统
nCounter平台介绍

依托贝博ballbe官网生物的中心实验室服务平台,广大科研工作者将可以在大量临床样本中高效地应用nCounter技术以及TIS(Tumor inflammation signature,贝博手机登陆网页发炎指数)对复杂的贝博手机登陆网页微环境,细胞信号通路进行深度解析。


IO360 (Immnuno-Oncology 360)

PanCancer IO 360™基因表达panel是NanoString开发的一个可检测770基因表达的Panel,仅供研究使用(RUO),它结合了涉及贝博手机登陆网页,微环境和癌症免疫反应之间复杂相互作用的重要部分,可以提供疾病生物学多方面的表征和免疫逃逸的机制的信息。


更高效:770个基因&18个免疫信号通路

更精准: 48个生物学特征谱

更快速: 24h出报告

TIS (Tumor Inflammation Signature)贝博手机登陆网页发炎指数

它来源于默克公司的临床数据,经过在泛癌中的验证,可以通过18个基因的GEPs数据预测对PD-1抗体单药K药(Pembrolizumab)的反应。



它量化了贝博手机登陆网页微环境中外周抑制的适应性免疫反应的强度。

GeoMx™ DSP 平台介绍

贝博ballbe官网生物可提供高通量、多组学和弹性选择区域的多组学组织原位表达分析服务。

GeoMx™ DSP 是 NanoString 最新发布的用于空间生物学研究的技术平台,可同时实现高参数,多组学,高精度并且同时兼容石蜡样本(FFPE)、新鲜冷冻样本、组织微阵列等不同样本类型。它可以在同一临床样本中一次性测定多达 96 个蛋白,又或者1833个 RNA 靶物或者全转录组的测定,完美实现多组学研究。

Multiplex IHC平台介绍
Leica
多标染色

▪ Leica Bond-RX全自动染片机

▪ 不依赖于人工染色,稳定性高

▪ 程序可控,可重复性高

Akoya Biosciences
多标染色

▪ 多色免疫组化&免疫荧光

▪ Opal™多标试剂盒

▪ TSA Plus信号放大

自动化采样

▪ 特定组织类型&TMA组织芯片

▪ Vectra自动化成像

智能分析

▪ 人工智能,机器学习

▪ InForm Tissue Finder™软件可以结合给予的示例进行数据优化

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